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De nombreux défis doivent être relevés pour que l’économie bleue puisse être bénéfique pour Madagascar. Outre les problèmes environnementaux, les questions relatives à la sécurité méritent réflexion.
A l’instar des autres îles de l’océan indien, l’économie bleue devrait permettre à la Grande Ile de libérer son plein potentiel socio-économique. Avec ses immenses territoires maritimes et ses longs fleuves, "Madagascar possède des potentiels qui devraient être des sources importantes de revenus, dans la mesure où elles sont gérées efficacement et largement sécurisées", a déclaré Irène Harivololona, Ingénieur environnementaliste citée par L’Express de Madagascar.
Toutefois, Madagascar doit encore faire face à nombreux défis notamment le renforcement de la sécurité maritime. D’après Leonide Randrianarisoa, secrétaire d’État chargé de la mer auprès du ministère de la Pêche, la pêche illicite non-reportée, et non réglementée (INN) dans le Sud-ouest de l’océan Indien, représente un manque à gagner annuel d’un milliard de dollars (soit 844 millions d’euros). De son côté, la FAO a annoncé que les pêcheurs illégaux s’emparent de 20% des captures totales de thonidés dans la région.
Outre les problèmes évoqués ci-dessus, la pollution concernant le plastique représente une menace certaine pour le cas de Madagascar. L’intrusion de sel dans les nappes souterraines dans le Sud de la Grande île par exemple n’est pas non plus négligeable. En effet, cela représente une forte menace pour la potabilité de l’eau dans cette partie du pays. Enfin, les intempéries comme le cyclone Enawo ont conduit à la saturation des rivières et fleuves qui se déversent ensuite dans les parcs d’aquaculture.