De nombreuses rumeurs courent autour du couple, ainsi que des allégations portées sur Tom Cruise dû à son dévouement pour la scientologie, qui se considère comme une « philosophie religieuse appliquée ». Sa femme Katie Holmes tente de casser leur image de « couple bizarre ».
Dans les médias, Katie Holmes essaie de sauver la réputation du couple. Pourtant, plus elle le fait, plus l’opinion publique est certain que Tom et Katie cachent des choses. L’actrice explique que le seul défaut du couple, c’est de ramener souvent du boulot à la maison. En effet, après chaque journée de tournage, le couple s’échange des conseils pour bien interpréter leur rôle.
Elle confie : « Nous collaborons sur tout à la maison. Mais il est Tom Cruise quand même. Son travail est incroyable. Je rentre à la maison et lui dis ’Donc, imagine une scène. Comment la jouerais-tu ?’ Et il m’aide et il est adorable. C’est un être humain incroyable. »
Récemment, les rumeurs sur leur fille Suri Cruise ont refait surface. En effet, "elle aurait été conçue In vitro car Tom serait impuissant". Cela expliquerait qu’il n’ait jamais eu d’enfant biologique avec son ex-femme, Nicole Kidman.
A noter également : il y a quelques années, Katie Homes était apparue en public les mains toutes bleues, voire ensanglantées. Certains ont déclaré que ces « blessures » étaient issues d’un rituel obligatoire pour chaque non-scientologue qui veut en épouser un. Jusqu’à présent, cette affaire est restée un mystère.
Le pire pour Katie dans sa médiatisation ; cette affaire lui a coûté le rôle de Rachel Dawes dans « The Dark Knight » de Christopher Nolan. Présente dans « Batman Begins », elle a été remerciée par la production et a été remplacée par Maggie Gyllenhaal.